Fatih Sultan Mehmet, Ayasofya camiine çok önem verir. Yıllarca bakım onarım görmeyen, bakımsızlıktan adeta harabeye dönen Ayasofya'nın imarı ile yakından ilgilenir. Gerekli bakım onarımlar yapılarak Ayasofya kısa sürede mamur hale getirilir.

Fetih'den sonra, savaş hukukuna göre ganimet olarak Fatih'in şahsi mülkü haline gelen ve mal sahibi (Fatih) tarafından cami olarak vakfedilen Ayasofya hakkında , Fatih Sultan Mehmet'in kayda değer bir hassasiyeti vardır.

Evliyaullahtan olduğu bilinen Fatih Sultan Mehmet Hazretleri, şahsi vakfı olan Ayasofya Camiinin 20. yüzyılda ibadete kapatılacağını hissetmiş olmalıki, Ayasofya Camii vakıf senedinin sonuna ilginç bir not eklemiştir. Ayasofya Camii vakıf senedinde vakıf sahibi Fatih Sultan Mehmet şöyle demektedir:

İşte bu benim Ayasofya vakfiyem dolayısıyla kim bu Ayasofya'yı camiye dönüştüren vakfiyemi değiştirirse, bir maddesini tebdil ederse, onu iptal veya tecile koşarsa,fasit veya fasık teville veya herhangi bir dalavereyle Ayasofya Camisinin vakıf hükmünü yürürlükten kaldırmaya kastederse,

Aslını değiştirir, füruuna itiraz eder ve bunları yapanlara yol gösterirlerse ve hatta yardım ederlerse ve kanunsuz olarak onda tasarruf yapmaya kalkarlar,camiilikten çıkarırlar ve sahte evrak düzenleyerek mütevelli hakkı gibi şeyler ister yahut onu kendi batıl defterine kaydeder veya yalandan kendi hesaplarına geçirirlerse

İfade ediyorum ki huzurunuzda,en büyük haram işlemiş ve günahları kazanmış olurlar!

Bu sebeple bu vakfiyeyi kim değiştirirse, Allah'ın, Peygamber'in,meleklerin bütün yöneticilerin ve dahi bütün Müslümanların ebediyen LANETİ ONUN VE ONLARIN ÜZERİNE OLSUN,azapları hafiflemesin onların,haşr gününde yüzlerine bakılmasın

Kim bunları işittikten sonra hala bu değiştirme işine devam ederse,günahı onu değiştirene olacaktır Allah'ın azabı onlaradır Allah İşitendir, Bilendir..

(Fatih Sultan Mehmed Han / 1 Haziran 1453)